Localidad fronteriza, que constaba de palacio y torre defensiva. Toda su historia ha estado marcada por los constantes ataques tanto de los castellanos como de guipuzcoanos y franceses. 

Parece ser que su nombre proviene de un hecho histórico bélico, ya que Lekunberri, «sitio nuevo», fue arrasado y reconstruido en varias ocasiones. El primer incendio destructor fue en 1430, donde ya se describe la existencia de una fortaleza. 

Se conoce su actividad aduanera desde hace mucho tiempo, al menos desde el siglo XIII, que consistía en el pago de impuestos por parte de los comerciantes vecinos al Reino de Navarra. También contaba con un camino Real de Pamplona a Gipuzkoa, sobre el cual se había establecido una Cadena en pleno siglo XVIII, en la que los valijeros de Tolosa y Pamplona dejaban el correo.

Según un informe de 1792, la Diputación decidió proyectar este camino de Pamplona a Gipuzkoa de más de ocho leguas, con una anchura de 24 pies castellanos de suelo firme, formado por una camada de piedra, mampostería de pies y cuarto de grosor, en forma de calzada áspera, cubierto todo ello con un palmo de cascajo recio y menudo, rodeado de mojones o guarda ruedas.

En el siglo XIX , se contaba con dos tiendas, dos posadas, taberna, escuela de niños y de niñas y abad de la iglesia parroquial, al que proveían los vecinos. Funcionaba también un molino con dos mulas. En los años 20, había fábrica de harinas, de chocolate, de sal, serrería y un convento.

Curiosidades

En el lugar más céntrico de Lekunberri se encuentra el Hotel Ayestaran, por el cual han pasado un gran número de personajes ilustres, bien en la época de la reina Victoria atraídos por el auge que estaba experimentando San Sebastián, o bien en épocas posteriores, casi siempre en San Fermín, por su proximidad a Pamplona y su paisaje de gran belleza. Cabe destacar la presencia en el hotel de personalidades como el escritor Hemingway.